Malgré cela, ils présentent cependant quelques inconvénients :
* Prix de construction considérable
* Un train à sustentation magnétique nécessite son propre réseau ferroviaire
* Peu adapté au fret lourd, soit environ une quinzaine de tonne au maximum
* Dangers liés à l’absence de conducteur à bord du train
* La ligne ne peut accepter que des courbes de grands rayons, ce qui va à l’encontre de l’urbanisme actuel
* Pour le Maglev, consommation énergétique élevée en raison de la trainée magnétique
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